一、适用范围与原理
检测对象:猪瘟病毒(CSFV,RNA病毒)
方法类型:一步法荧光RT-PCR(TaqMan探针,FAM通道)
原理:反转录+PCR同步进行,探针与靶序列结合后发光,实时监测荧光,以Ct值判定阴阳性。
二、仪器与试剂(提前准备)
仪器
实时荧光定量PCR仪(支持FAM通道)
高速冷冻离心机(4℃,12000g)
涡旋振荡器、金属浴/水浴、冰盒
无RNase离心管(1.5mL、0.2mLPCR管)、滤芯吸头
试剂(无RNase)
无菌PBS(pH7.2–7.4)
RNA提取试剂盒(磁珠法/离心柱法,或TRIzol)
猪瘟荧光RT-PCR试剂盒(含:RT-PCR反应液、酶混合液、CSFV引物探针、阳性对照、阴性对照)
DEPC水、75%乙醇(RNase-free)
三、样品采集与处理(关键防降解)
1.样品类型
选择:脾脏、扁桃体、淋巴结;其次:全血(抗凝)、血清、组织匀浆。
2.组织样品处理(10%匀浆)
取0.1g组织,加0.9mL无菌PBS(1:9,W/V)
充分研磨(匀浆机/研钵)
4℃、12000g离心15min
取上清转移至新1.5mL管,-80℃保存(避免反复冻融)
3.全血/血清
全血:EDTA抗凝,4℃≤24h,长期-80℃
血清:分离后同法保存
四、病毒RNA提取(磁珠法为例,常用)
取200μL样品上清至裂解液管,涡旋1min,室温静置5min
加20μL磁珠,混匀,室温吸附10min(每2min轻摇)
磁力架吸附2min,弃上清
加500μL洗涤液1,重悬磁珠,吸附弃上清
加500μL洗涤液2,重复洗涤1次
磁力架吸尽残液,室温干燥5–10min(不干透)
加50μL洗脱液,65℃孵育5min,洗脱RNA
磁力架分离,取**上清(RNA)**至新管,冰上备用(或-80℃)
传统TRIzol法见文末附录。
五、RT-PCR反应体系配制(一步法,25μL体系)
在PCR洁净区配制,冰上操作,避光。
1.体系配方(单管)
RT-PCR反应液:19.0μL
酶混合液:1.0μL
模板RNA(样品/对照):5.0μL
总体积:25.0μL
2.配液步骤(N+2管,含阴、阳性对照)
按样品数计算总量:(N+2)×(19+1)μL,配成预混液
涡旋混匀,瞬时离心
每0.2mLPCR管分装20μL预混液
分别加入5μL模板:
样品管:5μL样品RNA
阴性对照:5μL阴性对照RNA/DEPC水
阳性对照:5μLCSFV阳性对照RNA
盖紧管盖,瞬时离心(1000g,10s),放入PCR仪
六、扩增程序设置(GB/T16551-2020标准)
反转录:50℃,15min(1个循环)
预变性:95℃,10min(1个循环)
扩增(40个循环):
95℃,15s(变性)
60℃,60s(退火+延伸,此步采集FAM荧光)
七、结果判定(严格按Ct值)
1.质控标准(必须满足,否则试验无效)
阴性对照:无扩增曲线,无Ct值
阳性对照:Ct≤32,扩增曲线正常S型
2.样品判定
阳性:Ct≤38,且呈典型S型扩增曲线
可疑:38<Ct<40,需复检(重新提取RNA+复测)
阴性:Ct≥40或无扩增曲线
八、关键注意事项(防污染+防假阴/假阳)
分区操作:样品处理→配液→扩增,三区隔离,专用移液器
防RNase:全程无RNase耗材,戴手套、口罩,避免说话
防交叉污染:滤芯吸头、离心管一次性使用;阳性对照最后加
RNA质量:组织样品尽快处理,避免反复冻融;A260/A280=1.8–2.0
仪器校准:PCR仪定期校准温度与荧光通道
附录:TRIzol法RNA提取(传统方法)
200μL样品+800μLTRIzol,涡旋1min,室温5min
加200μL氯仿,涡旋30s,室温3min
4℃、12000g离心15min,取上层水相(约500μL)
加500μL预冷异丙醇,混匀,-20℃静置30min
4℃、12000g离心15min,弃上清
加600μL75%乙醇洗涤,4℃、12000g离心10min,弃上清
重复洗涤1次,吸尽残液,室温干燥5min
加40μLDEPC水+2μLRNase抑制剂,溶解RNA,冰上备用